2° Stagione Smallville

Clark riesce a salvare Lana dalla furia del ciclone. Intanto, alla fattoria Kent, la navicella (dopo che Nixon vi ha inserito la chiave) si è librata ed è andata nel punto esatto dove si trova Clark. La furia del ciclone però spazza via la chiave, e quindi la navicella precipita in un campo. Lex aiuta Clark a cercare Johnatan, ma il kryptoniano scopre che il magnate stava chiamando Nixon e diventa violentemente diffidente nei confronti dell'amico. Chloe propone, come "manovra difensiva", a Clark di restare amici e lui perplesso accetta, la ragazza è distrutta dall'accaduto al ballo di primavera. Lana è dubbiosa sulle circostanze del suo salvataggio. Clark riesce infine a scoprire che Nixon e suo padre si trovano sotto una cripta nascosta da un capanno, sollevatolo raggiunge i due uomini. Si trova però a contatto con dei frammenti di meteorite che Nixon sfrutta per indebolire e portare fuori il ragazzo. Johnatan lo segue e dopo un violento scontro Nixon sta per assassinare l'uomo quando Lex, all'improvviso, compare da dietro e spara al pazzoide. La famiglia Kent si riunisce e Clark rivela al padre che nel ciclone ha volato.

Clark manifesta un nuovo potere (la vista calorifica) ed accidentalmente genera un incendio a scuola e al Talon. Un'insegnante usa i suoi feromoni potenziati per convincere Lex a sposarla, poi rivolge le sue capacità su Jonathan. Clark deve impedire che i due uomini si uccidano a vicenda.

Pete scopre la nave spaziale in un campo di grano. Clark, nonostante l'opposizione dei suoi genitori, decide di rivelare il suo segreto, ma la reazione di Pete è sconcertante, tanto che Clark è costretto a mettere in dubbio la lealtà del suo amico. Lionel decide di trascorrere la sua convalescenza a Smallville. Intanto il Dott. Hamilton scopre la verità su Clark.

La scuola ha usato la kryptonite rossa per fabbricare gli anelli di classe. Dopo averne indossato uno, Clark si trasforma in un ribelle, che è deciso ad usare i suoi poteri anche in senso malvagio. Lana ottiene finalmente che questi le dichiari i suoi sentimenti, ma al tempo stesso Kent non disdegna di frequentare un'altra ragazza.

Clark scopre che qualcuno ha lasciato alcune frasi d'amore per Lana sulla tomba dei genitori di lei. La ragazza segue il suo spasimante e scopre che il padre del giovane lo tiene rinchiuso. Così chiede aiuto a Clark per liberare il ragazzo. Ma viene alla luce il motivo per il quale il giovane è stato rinchiuso in casa. Infatti a causa di un esperimento della Luthor Corporation, si trasforma in un mostro venendo in contatto con la luce del sole. Intanto Martha diventa la nuova segretaria di Lionel Luthor.

Martha si rivolge a suo padre per chiedergli del denaro. Clark è elettrizzato dalla prospettiva di conoscere il nonno, ma Jonathan si rifiuta di incontrare l'uomo. Clark decide che una riunione è d'obbligo. Lana ritrova una vecchia foto, la quale suggerisce la possibilità che suo padre potrebbe essere ancora vivo. La minaccia da affrontare stavolta è una creatura con l'aspetto di una ragazza che assorbe la vita dagli altri, causandone la morte per invecchiamento istantaneo.

Una donna di nome Rachel dichiara che Clark è suo figlio e che suo padre è Lionel Luthor. Jonathan e Martha ripercorrono con la memoria il giorno in cui il loro figlio è arrivato sulla Terra. Clark scopre il motivo per cui suo padre odia Lionel: infatti l'uomo aveva minacciato Jonathan se questi non l'avesse aiutato; apprende poi che la sua adozione fu falsa e che Martha è stata costretta a inventarsi tutto. E infine che suo padre salvò Lex dalla morte il giorno in cui su Smallville caddero le misteriose meteoriti. Rachel minaccia Lionel e rapisce Lex per far dichiarare a Luthor che lui è il padre di Clark. Lionel non si piega ai ricatti e Rachel sta per uccidere Lex ma Clark lo salva. Alla fine si viene a sapere che il figlio di Lionel e Rachel è Lucas Luthor ma Lionel dichiara che è morto.

Clark riceve una telefonata dal suo amico Ryan, il quale è finito nelle mani di un malvagio dottore che vuole controllare le capacità del giovane. Kent non esita a rapire Ryan pur di sottrarlo dalle grinfie del suo aguzzino. Nell annuncia a Lana il loro imminente trasferimento a Metropolis. Ma Lana, trova sistemazione fino alla fine del liceo dalla sua amica Chloe.

Clark prova a mettere in guardia Lana e Chloe da Ian, un ragazzo con il quale entrambe stanno uscendo. Ma l'avvertimento giunge troppo tardi. Intanto Lex frequenta un corso al fine di limitare i suoi scatti d'ira. Qui incontra Helen Bryce, un'affascinante dottoressa che si è appena occupata della gamba rotta di Jonathan Kent.

Clark viene soccorso da una donna indiana di nome Kyla, la quale sta cercando di preservare alcune grotte dalla distruzione attuata dall'ennesimo progetto di Luthor. Kyla racconta a Clark una storia indiana che parla di "Naman", un essere leggendario dai molti poteri. Clark si convince che quella creatura potrebbe essere lui.

Whitney Fordman ritorna da una missione in Indonesia. Ma il comportamento del giovane è molto strano e Clark capisce che si tratta di Tina, la giovane mutante che aveva attentato alla vita di Lana un anno prima. Una notizia riferisce che il vero Whitney è morto durante una missione proprio in Indonesia.

Lex scopre che il padre ha messo sotto controllo il suo ufficio. Ma gli uomini mandati a risolvere il problema finiscono con il prendere Lionel e Martha in ostaggio. Lana incontra la moglie del suo vero padre, che le consiglia di lasciarlo perdere. Martha scopre che nella cassaforte di Lionel sono custoditi dei lingotti di meteorite: così decide di continuare a lavorare per Luthor, al fine di scoprire che cosa l'uomo sta cercando.

Uno sparo colpisce Lionel Luthor e Jonathan Kent viene fermato con l'arma del delitto ancora in mano. Clark e Pete indagano e scoprono che molte persone avrebbero avuto l'opportunità di uccidere Lionel, incluso Lex. Chloe racconta a Lana il passato di Henry. Ma il colpevole è lo sceriffo, che era ricattato da Luthor.

Un parassita entra nel corpo di Pete, che comincia a comportarsi in modo davvero strano e pericoloso. Clark trova il coraggio di chiedere un appuntamento a Lana, che accetta. Poi però viene tutto mandato a monte a causa di Pete e Chloe, che nel frattempo è stata invasa dal parassita. Pete infila la kryptonite rossa nel taschino della camicia di Clark, che successivamente svela il suo segreto a Chloe. Lana sorprende Clark e Chloe che si baciano, e finisce col credere che Clark sia un bugiardo. Pete e Chloe cercano di uccidersi ma vengono fermati da Clark che nel frattempo era ritornato in sé. Alla fine della puntata Pete viene scusato dai Kent e Chloe non ricorda quanto è successo (quindi non conosce il segreto di Clark): però Lana non scusa Clark.

Lex ritrova suo fratello Lucas e lo porta a Smallville nella speranza di convincerlo ad allearsi con lui contro il loro padre. Ma Lucas si rivela inaffidabile. Clark decide di lavorare al Talon, ma viene licenziato il primo giorno. Lex chiede ospitalità ai Kent dopo che Lionel lo ha cacciato fuori di casa.

Martha Kent viene infettata da un virus tossico e finisce in coma. Clark deve trovare a tutti i costi un antidoto, ma si ritrova anch'egli infettato. Jonathan è l'unico che può trovare l'antidoto. Clark è privo di sensi e febbricitante quando Chloe gli rivela i suoi veri sentimenti, ma proprio in quel momento, Clark nomina Lana e Chloe se ne va in lacrime. La dottoressa Bryce diviene sospettosa quando analizza il sangue di Clark. Intanto Jonathan scopre che Martha è incinta grazie alla navicella di Clark, così la recupera per poter curare i suoi familiari. Alla fine Lana scopre il foglio su cui sono scritti i sentimenti di Chloe verso Clark, restando molto colpita.

Clark sogna costantemente di volare su Smallville, entrare nella grotta e inserire la chiave della sua navicella in un'incisione. Dopo un mal di testa incessante causato dalla chiave ottagonale, si reca alla grotta e inserisce finalmente la chiave all'interno del dipinto, che gli permette di assimilare e imparare a leggere i simboli di Krypton. Successivamente torna il mal di testa e Clark incide con lo sguardo un'iscrizione sulla parete del granaio, un simbolo di Krypton interpretato da Clark come "speranza". Determinato a scoprire la sua origine, Clark si reca a New York per conoscere il dottor Swann, un brillante scienziato che ha un messaggio per il giovane riguardo alle sue origini. Gli svelerà che il suo nome è Kal-El e che proviene dal pianeta Krypton. Il dott. Walden trova la chiave lasciata da Clark, quando prova ad usarla nella caverna a causa di un sovraccarico di informazioni, perde completamente i sensi. Lana decide di lasciare la casa di Chloe quando le due hanno un litigio a causa di Clark.

Clark indaga su un nuovo studente, il quale potrebbe essere un alieno e si convince che anche questi proviene da Krypton. Le sue convinzioni vengono rafforzate quando Cyrus guarisce il cavallo malato di Lana. Martha si rivolge alla dottoressa Bryce per avere alcuni consigli in merito alla sua gravidanza.

Lana viene aggredita da uno studente; Clark perde il controllo e a sua volta ferisce l'aggressore sul retro del Taloon, scaraventandolo su una macchina della polizia che passava in quel momento. Lana da una parte ringrazia Clark per averla salvata, dall'altra però vorrebbe che Clark non intervenisse sempre nelle sue faccende, credendo di poter risolvere le cose da sola. Una vecchia fiamma di Helen, Paul, torna in città deciso a riconquistare la sua ex. Nel frattempo i Kent vengono citati per danni e potrebbero perdere la fattoria. Dopo essere stato rifiutato, Paul passa a vie meno piacevoli.

Clark si ritrova coinvolto in una rapina e scopre che non può sconfiggere i ladri in quanto questi ultimi sembrano essere al suo stesso livello. Per evitare che Clark vada alla polizia, il gruppo di criminali attaccano Jonathan e Martha, e a quanto pare Clark non sembra in grado di proteggere i suoi genitori.

Lana è tormentata dal fantasma di Emily, la sua migliore amica di quando era bambina, morta annegata nel tentativo di salvarla. Clark e Lana indagano sul padre della bimba e scoprono, nella casa dell'uomo, una stanza segreta dove egli ha creato dei cloni mediante la kryptonite. Lionel offre a Lex una romantica luna di miele mentre prende il controllo della caverna indiana.

Il dottor Walden si risveglia dal coma e rivela a Lex e Lionel che Clark è un alieno e deve essere distrutto. Un incontro fra Clark e Lana potrebbe sviluppare i loro sentimenti, ma Chloe è sempre nei paraggi. Clark sente una strana voce chiamarlo dal rifugio anti-uragani.

Clark è pensieroso e impaurito per il monito di suo padre Jor El che gli ha ordinato di raggiungerlo e di seguire i suoi ordini lasciando le persone a lui care, prende una decisione: distruggere la nave spaziale con una chiave di Kryptonite. Grazie all'azione elusiva di Pete riesce a rubare la chiave in questione a Lionel Luthor. Prima di andare con Lana al matrimonio di Lex, quindi, Clark decide di distruggere la navicella. Arriva Chloe però che è infuriata col ragazzo per avergli tenuto nascosta la relazione con Lana e per la mancanza di rispetto che egli ha dimostrato verso la bionda. Chloe riconsidera quindi l'offerta di Lionel Luthor di investigare sul kryptoniano. Clark distrugge la navicella che provoca una violenta esplosione, che manda fuori strada Marta e Johnatan che si trovavano nei paraggi col furgone. Marta perde il bambino, Johnatan è in collera con Clark per quanto ha fatto e per la decisione di non riferire nulla ai genitori. Clark è sconvolto dal dolore, e decide di indossare l'anello di kryptonite rossa per non sentire più alcun sentimento contrastante. Messoselo, parte alla volta di Metropolis dopo che Lana ha rifiutato di partire con lui. Intanto, dopo la cerimonia nuziale, Lex ed Ellen sono sull'aereo del viaggio di nozze. Addormentatosi e poi risvegliatosi, Lex si ritrova solo sull'aereo che precipita in mare aperto.